O IEFP também podia compensar as empresas privadas das despesas com retribuição mas isto só podia acontecer por cinco anos, prorrogáveis até mais cinco anos se o trabalhador não atingisse capacidade produtiva superior a 75% da capacidade normal exigida a outra pessoa nas mesas tarefas. Mas também haverá mudanças aqui. Este apoio será devido até que o trabalhador atinja essa capacidade de 75% ou até que transite para um regime normal de trabalho. E sempre que o trabalhador atinja a capacidade produtiva de 75% mas não seja possível a sua transferência para o regime normal de trabalho, os apoios serão renovados anualmente.
Os centros de emprego protegidos são estruturas produtivas ou pessoas colectivas de direito público ou privado que proporcionam a pessoas com deficiência, incapacidade ou capacidade de trabalho reduzida a possibilidade de estas exercerem uma actividade profissional e desenvolverem competências necessárias à sua integração, sempre que possível, em regime normal de trabalho.
O IEFP também passa a conceder apoio à gestão dos centros de emprego protegidos, se assim for solicitado, além dos apoios à instalação e funcionamento já previstos.